El centro nació el 20 de febrero de 2013, del reconocimiento de las autoridades de la Escuela Politécnica Nacional (EPN) y de la Secretaría de Educación Superior, Ciencia, Tecnología e Innovación (SENESCYT) acerca de la importancia de consolidar la investigación en matemática aplicada como un soporte transversal para el desarrollo de otras áreas científicas y tecnológicas de importancia estratégica para el país. Es así que, tras aglunas rondas de negociación entre ambas instituciones, se acordó la creación de un Centro de Modelización Matemática en la Escuela Politécnica Nacional, el primero de su clase en el país y uno de los primeros en la región.